Volgens mij heb ik gewoon de adviezen van de NS, de NS planner en de man met de gele hesjes opgevolgd en dan maakt de Chipkaart fabriek er een rotzooitje van..en dan mocht ik zogenaamd gratis reizen met metro 51,52 en nog iets doordat Adam Centraal er uit lag. 
08:51 was gewoon bekend, dat is Amsterdam Zuid
11:43 is ook gewoon bekend, dat dat is 11:57 Amsterdam Amstel.

Wie snapt nu niet hoe het werkt?

Die 2e rit  hoort er helemaal niet te zijn. Amsterdam Zuid moet naar de 3e rit en Amsterdam Amstel naar de 1e rit. Gezien de reisduur van 3uur van Amsterdam Zuid naar Amsterdam Amstel is dit ook wel een zeer vreemde conclusie. 

Uw NS-vervoerbewijs is geldig in de metrolijn 52 tussen Amsterdam Centraal en Zuid en in metrolijnen 50 en 51 tussen Sloterdijk en Zuid.
Tussen Zaandam en Schiphol Airport reis via Sloterdijk en Amsterdam Zuid.
Tussen Amsterdam C. en Leiden C. reis via Haarlem.

Uw NS-vervoerbewijs is geldig in de metrolijn 52 tussen Amsterdam Centraal en Zuid en in metrolijnen 50 en 51 tussen Sloterdijk en Zuid.
Tussen Zaandam en Schiphol Airport reis via Sloterdijk en Amsterdam Zuid.
Tussen Amsterdam C. en Leiden C. reis via Haarlem.

Uw NS-vervoerbewijs is geldig in de metrolijn 52 tussen Amsterdam Centraal en Zuid en in metrolijnen 50 en 51 tussen Sloterdijk en Zuid

Oei, met de zogenaamde ‘NS Metro’ (dus incheck bij een NS paal) zou je van Zuid naar Amstel mogen (en daar uitchecken bij NS door de poortjes of je reis vervolgen met NS, want op Amstel kan je gewoon van metro naar trein zonder poortjes).

Maar Rokin (en Nieuwmarkt) tellen niet als NS station!

Je zult bij GVB moeten zijn om uit te leggen waarom je daar uitgecheckt hebt zonder incheck.

Voor de andere GVB rit van Nieuwmarkt naar Amstel, zie www.uitcheckgemist.nl en vul in Nieuwmarkt-Nieuwmarkt (niet gereisd) dan krijg je in ieder geval die € 4,00 terug (of zeg netjes dat je Nieuwmarkt - Amstel gereisd hebt op een NS incheck voor een bedrag terug).

Misschien kan je via uitcheckgemist ook wel Zuid - Rokin (gemiste incheck) corrigeren naar een zinnig bedrag (dus € 1,95 terug van die € 4,00)

Het recht om met de metro te reizen met een NS incheck geldt dus alleen van NS station naar NS station.

Je GVB → NS overstap op Amstel telt dus (vanuit NS gezien) als uitcheck voor een reis van Zuid naar Amstel, ook al was dat pas uren later.

U hebt de paaltjes van NS en GVB door elkaar gebruikt.

08.51 NS

09.03 GVB

11.43 GVB

11.57 NS

U kunt alleen uitchecken bij een vervoerder als u eerder bij dezelfde vervoerder hebt ingecheckt. Die regel geldt altijd en overal.

Verder geldt dat u in plaats van met de trein met de metro mag reizen maar u mag dan alleen non-stop van Zuid of Amstel naar Centraal (of omgekeerd) reizen maar u mag daarbij niet in- of uitstappen op een metrostation onderweg. 

Voor zo'n vervangende metrorit in plaats van de trein kun u normaal door een apart geopend metropoortje zonder bij het GVB in of uit te hoeven checken.

In uw geval had u dus om 8.51 bij het GVB op Zuid moeten inchecken en op station Rokin bij het GVB moeten uitchecken. Terug op station Nieuwmarkt bij het GVB moeten inchecken en om 11.57 op station Amstel bij het GVB moeten uitchecken. Beide ritten had u dienen af te rekenen bij het GVB los van wat u bij NS betaalt.

Precies, wat @Tamzin zegt klopt, de handeling op Amstel om 11:57 werd gezien als een uitcheck voor een hele lange NS rit van Zuid naar Amstel (zonder kosten uiteraard).

Die 2× € 4,00 voor de GVB ritten kan je wel corrigeren via uitcheckgemist.

Overigens hingen de posters op straat voor de Wetenschapsdagen op 5 en 6 oktober hier (Eindhoven) er vandaag nog steeds… Hoe werkt een dino, de aarde of een NS/GVB metro? 

Ik snap het op zich goed, als je volgens de NS van Zuid naar Amstel/Centraal met de GVB metro mag, waarom dan onderweg niet uitstappen op Rokin (en later weer instappen op Nieuwmarkt) met Weekend Vrij?

Omdat dat inkomstenderving voor het GVB is. Het vervangende vervoer geldt alleen van treinstation naar treinstation.

Leg maar uit aan de gemiddelde reiziger (of aan @andreh met Weekend Vrij ongeacht zijn leeftijd voor de Wetenschapsdagen)… 

Inkomstenderving?

Oh ja, het GVB zal wakker liggen over iemand uit Groningen die met een op zich geldige NS incheck gewoon van Zuid naar Amstel met de metro gereisd heeft (weliswaar met tussentijdse uitstap Rokin en instap Nieuwmarkt waarvoor uiteindelijk € 8,00 gerekend is)…

Die inkomstenderving is er dus helemaal niet! Sterker nog, er is teveel betaald!

Allang blij dat @andreh vrij reizen had voor terug naar Groningen, want de handeling om 11:57 op Amstel werd (verklaarbaar) dus een NS uitcheck en dan kan je soms zomaar toch (Flex) beboet worden bij controle onderweg!

@andreh is gewoon een enorme pechvogel of ‘niet zo handig’. Zie ook 

Met gemarkeerde antwoord van @Tamzin