Edit: zie bericht van @Momo hieronder. Ik had de reisrichting verkeerd gelezen.

U hoeft zich geen zorgen te maken, het gaat in allebei de gevallen om dezelfde trein naar Rotterdam die ook in Gouda stopt. Alleen geeft de reisplanner deze 2 opties omdat u met de optie met een keer overstappen 5 minuten sneller in Gouda bent. De directe trein naar Rotterdam (en Gouda) blijft 7 minuten wachten in Utrecht. Als u de optie met overstappen neemt, heeft u een korte overstap van 2 minuten naar de overkant van het perron waardoor u dus 5 minuten wint. Ik zou gewoon blijven zitten in de directe trein, scheelt een overstap en mogelijk stress omdat zo'n korte overstap nog wel eens de mist in kan gaan als de trein waarin je aankomt wat vertraging heeft. 

@Julian  TS wil vertrekken vanuit Zwolle naar Gouda. Ik denk dat jij het andersom gelezen hebt.

Dan geeft de reisplanner dit:

Oeps, je hebt helemaal gelijk 

Ik heb mijn bericht maar even leeggemaakt om verwarring te voorkomen.