Vreemd dat dit niet werkt. R-net is een treinvervoerder, en je NS Flex contract zou hier dan ook gewoon moeten werken, ook al gaat het om Qbuzz.
Advies is om toch nogmaals contact op te nemen met de Klantenservice. Zij kunnen je contract inzien en kijken waar het mis gaat.

Er zijn vaker klachten bij het gebruik van de treinen Dordrecht-Geldernalsen. Het schijnt dat er iets niets pluis is met de software van Qbuzz. 

Wat Arriva hier mee te maken zou hebben is me overigens onduidelijk.

Helemaal in het begin van de concessie werd het basistarief (toen € 0,98) ook afgeschreven als je met een Vrij-abonnement incheckte. Dat doen ze echter al een behoorlijke tijd niet meer bij saldo-abonnementen, dus opmerkelijk dat het dan met Flex wel mis gaat.

Een saldo van 0 euro zou immers altijd moeten werken, zelfs als je geen abonnement hebt, dus als dat het probleem is zouden er meer reizigers over moeten klagen.
Als het saldo lager dan 0 euro is kan het wel mis gaan omdat sommige vervoerders eerst het saldo checken alvorens te kijken of er een product op de kaart staat. Dat is sowieso niet uniek bij Qbuzz het geval.

Wat @Daniel schrijft klopt. Vul je saldo aan tot 0 (bij een supermarkt of balie van een vervoerder, want bij een NS automaat lukt dat niet) en je Flex Dal Voordeel werkt waarschijnlijk weer.